Εξαρτάται την χρήση. Αν μια μονάδα αφαλάτωσης εγκαθίσταται σε ένα χώρο για λειτουργία ως παροχή νερού σε έναν Δήμο (όπως συμβαίνει σε ορισμένα νησιά) τότε αρμόδια αρχή είναι η Δ/νση Ανάπτυξης της οικείας Περιφερειακής Ενότητας.
Αν η μονάδα αφαλάτωσης είναι συνοδευτικό έργο για την λειτουργία μιας βιομηχανικής μονάδας ή ενός συστήματος περιβαλλοντικών υποδομών τότε δεν αδειοδοτείται ξεχωριστά αλλά συμπεριλαμβάνεται στις αδειοδοτήσεις του κύριου έργου.