Εάν αποτελούν αυτόνομη εγκατάσταση τότε θεωρούνται συστήματα βιολογικού καθαρισμού και ακολουθείται η διαδικασία που περιγράφεται στον Οδηγό 5 : παροχή νερού, Επεξεργασία λυμάτων, Διαχείριση Αποβλήτων και δραστηριότητες εξυγίανσης.
Εάν αποτελούν τμήμα  μίας βιομηχανία – βιοτεχνίας μεταποίησης τροφίμων ακολουθεί την κατάταξη και «αδειοδότηση» της κυρίας μονάδας.